Er bekannte sich nicht schuldig und bestritt stets die Vorwürfe des Fehlverhaltens. Bei einer Verurteilung drohen ihm bis zu 25 Jahre Gefängnis. HP kaufte Autonomy im Rahmen eines 11,1-Milliarden-Dollar-Deals (8,72 Milliarden Pfund), um sein Softwaregeschäft anzukurbeln. Kaum ein Jahr später schrieb das Unternehmen jedoch den Wert der Übernahme um 8,8 Milliarden US-Dollar ab und behauptete "schwerwiegende Buchhaltungsmängel, Offenlegungsfehler und völlige Falschdarstellungen" des Unternehmens.

Im Jahr 2019 wurde Lynch von einer Grand Jury des Bundes angeklagt. Ihm werden in 17 Fällen Überweisungsbetrug, Wertpapierbetrug und Verschwörung vorgeworfen. Lynch wurde zuvor für seine Leistungen gelobt. Er wurde 2006 mit dem OBE (Order of the British Empire) für Verdienste um Unternehmen ausgezeichnet und 2011 in den Wissenschafts- und Technologierat des damaligen Premierministers David Cameron berufen. Er war außerdem Vorstandsmitglied der BBC und gründete eine Investmentfirma, die das Cybersicherheitsunternehmen Darktrace unterstützte.

Seit Jahren argumentiert Lynch, dass die schlechte Leistung von Autonomy bei HP auf Missmanagement durch den neuen Eigentümer und nicht auf Betrug vor der Übernahme zurückzuführen sei. Er hat einen Großteil des vergangenen Jahres damit verbracht, sich auf den Prozess unter Hausarrest vorzubereiten. Lynch wurde im vergangenen Mai von Großbritannien an die Vereinigten Staaten ausgeliefert. Nachdem er eine Kaution in Höhe von 100 Millionen US-Dollar hinterlegt hatte, musste er eine GPS-Knöchelmarke tragen und rund um die Uhr von bewaffneten Wachen überwacht werden.

Erst im November durfte er das großzügige Anwesen in San Francisco, das er täglich zwischen 9 und 21 Uhr als Basis nutzt, verlassen, wenn auch unter strengen Auflagen.