Die Staatsanwaltschaft Halle hat Höcke wegen des Verwendens von Kennzeichen verfassungswidriger und terroristischer Organisationen angeklagt. Er soll am 29. Mai 2021 in Merseburg bei einer AfD-Wahlkampfveranstaltung am Ende seiner Rede "Alles für unsere Heimat, alles für Sachsen-Anhalt, alles für Deutschland" gesagt haben. Dabei soll er gewusst haben, dass "Alles für Deutschland" eine verbotene Losung der sogenannten Sturmabteilung (SA) der nationalsozialistischen Partei NSDAP war.

Höcke hat in der Vergangenheit revisionistische Ansichten über die NS-Vergangenheit Deutschlands vertreten. 2018 bezeichnete er das Holocaust-Mahnmal in Berlin als ErmittlerDenkmal der Schande" und forderte eine "180-Grad-Wende" Deutschlands in der Erinnerung an seine Vergangenheit. Ein damaliges Parteigericht lehnte einen Antrag auf seinen Ausschluss ab.

In Thüringen kommt auf Höcke ein weiterer Prozess zu. Das Landgericht Mühlhausen hat Ende Januar eine Anklage wegen des Verdachts der Volksverhetzung gegen den AfD-Politiker zugelassen. Es geht dabei um einen Beitrag in dem Social-Media-Dienst Telegram aus dem Jahr 2022.

Darin hatte Höcke einen tödlichen Messerangriff eines Somaliers in Oggersheim unter anderem mit den Worten kommentiert: "Wahrscheinlich ist der Täter psychisch krank und leidet an jener unter Einwanderern weit verbreiteten Volkskrankheit, welche die Betroffenen 'Allahu Akbar' schreien läßt und deren Wahrnehmung so verzerrt, dass sie in den 'ungläubigen' Gastgebern lebensunwertes Leben sehen."

Höcke ist Fraktions- und Landeschef der AfD in Thüringen. Die Thüringer AfD wurde im Jahr 2021 vom Landesamt für Verfassungsschutz als gesichert rechtsextremistisch eingestuft. Die Partei wird beobachtet. Der Präsident des Bundesamts für Verfassungsschutz, Thomas Haldenwang, bezeichnete Höcke vor einigen Jahren als Rechtsextremisten.